Seit 350 Jahren steht die Kirche in Hepsisau mitten im Ort in unmittelbarer Nähe zum rauschenden Zipfelbach. Zur Zeit ihrer Erbauung gehörte Hepsisau kirchlich und gerichtlich zu Weilheim, aufgeteilt auf die zwei Hauptkirchen St. Peter und St. Calixt. Der Bau einer kleinen, einfachen Kirche oder Kapelle ist allerdings schon in ersten Berichten aus dem Jahr 1485 erwähnt. Der Konstanzer Bischof, der für den Ort zuständig war, erlaubte später, am 18. November 1479 sowie den Jahren 1481, 1485 und 1491 eine Almosensammlung zum Bau einer Kapelle.
Offensichtlich ist dieser Bau sehr einfach und dürftig erfolgt, denn in den folgenden etwa 150 Jahren wird von mehreren Reparaturen und Umbauten berichtet, sodass man dann im Jahr 1672 von einer fast neuen Kirche sprechen konnte. Dieser Kirchenbau bildet die Grundsubstanz des heutigen Gotteshauses.
Trotz der damaligen Umbauten, bedingt durch die Nachwirkungen des 30-jährigen Krieges, blieb der Kirchenbau instabil und musste laufend nachgebessert werden. So wird in der Chronik berichtet, dass der Chor so zerrissen war, dass der Gottesdienst nicht ohne Leibes-und Lebensgefahr besucht werden konnte. Und weiter ist vermerkt, dass im Jahr 1762 der Turm alle Augenblicke umzufallen scheint und eine ganz große Gefahr beim Glockenläuten darstellt. Im Jahr 1774 erfolgte dann endlich der Neubau des Turms in der heutigen, markanten Form.
Aus Weilheim mit dem Pferd
Zuständig war für die Hepsisauer Kirche die Pfarrei von St. Peter, und der Unterhalt wurde aus dem Weilheimer Armenkasten bestritten. Der Weilheimer Diakon musste sonntags in Hepsisau predigen und benötigte dafür ein Reitpferd. Dazu mussten ihm die Ortsansässigen einen Reitsattel und jährlich Heu, Hafer und Stroh zur Verfügung stellen. Erst im Jahr 1830 bekam Hepsisau eine eigene Pfarrstelle, wurde aber noch bis 1848 übergangsweise vom Neidlinger Pfarrer betreut.
Der erste Hepsisauer Pfarrer Müller musste sich notgedrungen neben seinen seelsorgerischen Aufgaben mit dem Kirchenbau befassen. Eine neue Orgel wurde eingebaut. Aber die Empore sowie der Glockenstuhl waren stark sanierungsbedürftig. Zu allen Problemen kam noch dazu, dass im September 1870 ein Zipfelbach-Hochwasser die Sakristei von der Kirche weggerissen hatte. Die Pfarrer hatten daher alle Mühen, mit den bescheidenen finanziellen Mitteln die Kirche baulich und funktionell zu erhalten.
Eine grundlegende Generalsanierung im Inneren gab es dann im Jahr 1951 unter Pfarrer Herbert Nitsche, dem späteren Dekan von Kirchheim.
Eine weitere optische Aufwertung und Verschönerung folgte dann im Jahre 1972: Die Fenster waren zu erneuern, und der Kirchengemeinderat entschied sich für den Einbau von Buntglasfenstern nach dem Angebot und Plänen von Professor Martin Domke. Nach vielen Diskussionen bezüglich der Finanzierung, auch mit dem Landes-Denkmalamt, wurden die ersten beiden Fenster 1979 eingebaut, die weiteren vier folgten dann 1982. Mit der Installation der insgesamt sechs Buntglasfenster bekam dieses Kirchlein dann eine ganz besondere Note. Die mundgeblasenen Gläser mit ihrer Leuchtkraft durch Schlieren und Blasen, vom Künstler explizit ausgewählt, eingefasst in Blei, verleihen den biblischen Darstellungen eine starke Aussagekraft. Bei südlicher, mittäglicher Sonneneinstrahlung ist eine Betrachtung und Verinnerlichung dieser Kunstwerke ein ganz besonderes Erlebnis.
Zwei Glocken wurden konfisziert
Die 350-jährige Geschichte spiegelt auch die oftmals bescheidenen, zum Teil ärmlichen Verhältnisse einer kleinen Gemeinde wider. So wurden auch die weltpolitischen Ereignisse des ersten und zweiten Weltkriegs mit der Konfiszierung von jeweils zwei Glocken in Hepsisau sichtbar.
Seit 1848 bis heute haben insgesamt elf Pfarrerinnen und Pfarrer ihren Dienst in der Gemeinde versehen und bis zur heutigen Pfarrerin Ute Stolz – die seit 20 Jahren in Hepsisau ist – stets ein besonderes Augenmerk auf den Zustand des Kirchengebäudes geworfen. Als typische evangelische Dorfkirche mitten im Ort ist sie bis heute von außen und innen ein Schmuckstück – und ein weithin sichtbares Wahrzeichen des Dorfes geblieben.